โรงเรียนบ้านเจ้าเณร ตั้งอยู่เลขที่ 450 หมู่ 4 ตำบลท่ากระดาน อำเภอศรีสวัสดิ์ จังหวัดกาญจนบุรี เดิมชื่อโรงเรียนการไฟฟ้าสงเคราะห์ ถือกำเนิดเมื่อวันที่ 1 กันยายน 2514 เพื่อจัดการเรียนการสอนแก่บุตร- ธิดาของคนงานและเจ้าหน้าที่ที่มาสำรวจและสร้างเขื่อนศรีนครินทร์ (เดิมชื่อโครงการสำรวจและสร้างเขื่อนเจ้าเณร) โดยมีนายสมยศ มงคลสมัย เป็นครูใหญ่คนแรก แต่เดิมโรงเรียนเป็นอาคารเรียนแบบชั่วคราวตั้งอยู่บริเวณริมฝั่งซ้ายของแม่น้ำแควใหญ่ ซึ่งอยู่ใกล้เคียงกับที่ตั้งโรงไฟฟ้า ณ ปัจจุบัน ต่อมาเมื่อโครงการสร้างเขื่อนเจ้าเณร มีคนงานและประชาชนมากขึ้น ในปีการศึกษา 2516 จึงย้ายโรงเรียนมาอยู่ฝั่งขวาของแม่น้ำแควใหญ่ซึ่งเป็นที่ตั้ง ณ ปัจจุบัน ซึ่งทางโครงการเขื่อนเจ้าเณรได้จัดสรรที่ดินให้ จำนวน 9 ไร่ 1 งาน 11 ตราราง โดยเป็นอาคารแบบชั่วคราว หลังจากนั้นจึงได้รับงบประมาณมาทำการก่อสร้างอาคารแบบถาวร และได้เปิดใช้อาคาร ในวันที่ 30 ตุลาคม 2519 โดยเปิดทำการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 2 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6
ในปีการศึกษา 2541 ได้ขยายชั้นเรียนจนถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 ตามโครงการขยายโอกาสทางการศึกษา นักเรียนชั้นมัธยมศึกษารุ่นที่ 1 จึงจบการศึกษาในปีการศึกษา 2543
ตั้งแต่ก่อตั้งโรงเรียน มีผู้บริหารสถานศึกษา 6 ท่าน ด้วยกันคือ
นายสมยศ มงคลสมัย ดำรงตำแหน่ง ตั้งแต่ 1 กันยายน 2514 – 30 กันยายน 2519
นายประจวบ วิริยาลัย ดำรงตำแหน่ง ตั้งแต่ 1 ตุลาคม 2519 – 30 กันยายน 2544
นายไพเราะ บรรลือศักดิ์ ดำรงตำแหน่ง ตั้งแต่ 4 ธันวาคม 2544–15 มิถุนายน 2560
นางเสาวรีย์ ฤทธ์ธงชัยเลิศ (รักษาการผู้อำนวยการโรงเรียน) ตั้งแต่ 16 มิถุนายน 2560 -28 กุมภาพันธ์ 2563
นายพจนรินทร์ เหลืองอรัญนภา ดำรงตำแหน่ง 1 มีนาคม 2563 – 1 ตุลาคม 2564
นายภมรพล หงษ์เวียงจันทร์ ดำรงตำแหน่ง 1 ตุลาคม 2564 – 10 ตุลาคม 2566
นางสาวภูวรินทร์ จาริยกันทะวงค์ ดำรงตำแหน่ง 11 ตุลาคม 2566 - 10 ตุลาคม 2567
นางจิราภรณ์ ศรีจันทร์ (รักษาการผู้อำนวยการโรงเรียน) ตั้งแต่ 11 ตุลาคม 2567 - 5 กุมภาพันธ์ 2568
นายณัฐภัทร สุดจิตต์ ดำรงตำแหน่ง 6 กุมภาพันธ์ 2568 จนถึงปัจจุบัน